金黃鼠耳蝠是一種遷徙性的蝙蝠,每年幾乎都在 3 月底 4 月初陸續出現在平地樹林,先抵達的個體大多是雌性蝙蝠,雄性較少見。而後 4 月底媽祖誕辰時分,就穩定地聚集至 5 月中,此時可以見到許多母蝠的肚子逐漸隆起。
母蝠主要的繁殖育幼時期是在 5 月下旬至 7 月份,每胎僅生1隻,且約僅一半的母蝠會生殖。殖育幼群的數量因幼蝠的逐漸加入而漸次升到高峰,而後又因向周遭移動而逐漸下降。這個時間點比較能夠見到雄蝠隨伺在旁。金黃鼠耳蝠的幼蝠在第三周就會開始練習直線飛行,到第四、五週時已能上下左右繞飛且已有能力抓飛蟲,第六周大時體型和體重已可達母蝠的 9 成。
金黃鼠耳蝠繁殖育幼群大致會在 8 至 10 月之間陸續離開原本的棲所,此階段的早期,曾發現雄蝠會混入母蝠群中。冬季牠們會出現在台灣的中高海拔山區,且有冬眠的記錄。
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