這一款蝙蝠屋已有11種台灣蝙蝠住進去，是本館創辦人張恒嘉老師在2002年開始推廣的款式，也是台灣最常見、最常被仿製的蝙蝠屋。這一款蝙蝠屋採用南洋硬木或國產FSC認證杉木，並由蘇秦社區發展協會木工或幸蝠小舖員工處理而成。
因為開發已有16年，中間幾年曾經小幅改款3次，用來加強結構與降低非目標物種的進入，這一款蝙蝠屋目前也是台灣最多學校、農民與研究單位使用的款式。
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蝙蝠屋
黃金蝙蝠生態館最早從2002年開始採用FSC友善森林認證的林木來製作蝙蝠屋，當時是採用加拿大卑斯省FSC認證森林2種木材、德國水性環保膠的夾板來製作，由於該夾板製作過程號稱無毒，又宣稱可以抗潮耐雨，材料也通過健康綠建材及生態綠建材認證，所以我們才引進這款台灣市面上買不到的環保夾板來測試其耐用程度。
後來因為國外FSC材料來源取得有問題，碳足跡也很高，而台灣政府此時開始認真處理林業產銷失衡的問題，因此我們就順勢改採台灣新竹五峰鄉的FSC友善森林認證杉木，並由幸蝠小舖員工負責處理、組合與產銷。它具備雙層空間，使用不易繡蝕的鍍鋅鐵件，木材加厚保溫效果更好，可吸引蝙蝠入住。
卡榫式蝙蝠屋
這是中原大學商業設計系「好厝蝙 BATiful」團隊彭芮妍、陳思蒨及王晨禹等三人從2016年與張恒嘉老師合作開發的新式蝙蝠屋，2017年5月正式在台北世貿一館發表。全程採用古老的木工技法榫接技術組合而成，全程不使用任何一根釘子與化學膠劑，是最新潮、最方便組合的蝙蝠屋。
本款式蝙蝠屋，將在2018年1月正式在蝙蝠館策展，跟預約團客一起分享。
這一款蝙蝠屋是本館2016年推出的DIY款蝙蝠屋，使用台灣國產FSC杉木或南洋硬木製作，由幸蝠小舖人員細部磨切處理而成。改良自前一款不易DIY、屋頂容易漏水、木材厚度及蝙蝠使用空間不足的缺點而製成。
組合包內有提供繪製安裝與架設的流程建議，比較適合初入門的親子一起DIY，動手做蝙蝠的保育。
BCI型蝙蝠屋
BCI型蝙蝠屋介紹
Merlin Tuttle博士設計的BCI型蝙蝠屋是美洲地區最暢銷的蝙蝠屋。台灣永續聯盟將BCI單層式蝙蝠屋、BCI多層式蝙蝠屋及BCI火箭型蝙蝠屋全都架設在黃金蝙蝠生態館。單層式蝙蝠屋的蝙蝠製作較簡單，頗適合DIY；多層式蝙蝠屋和火箭型蝙蝠屋的優點是高大多層，可在不同方向的不同隔間內形成不同的微氣候，更能夠吸引大量的蝙蝠長期使用，但缺點則是費時費工、造價貴且不好安裝。
台灣最大的蝙蝠屋
這個蝙蝠屋由台灣永續聯盟架設在黃金蝙蝠生態館館區內，具備雙層構造，上層可容納蹄鼻蝠和葉鼻蝠類棲息，下層的隔間眾多，應可吸引數萬隻蝙蝠入住。這座蝙蝠屋目前為教育展示用途，雖已有蝙蝠入住，但高昂的造價比較適合有特定目的單位來推廣。