這一款蝙蝠屋已有12種台灣蝙蝠住進去，是本館創辦人張恒嘉老師在2002年開始推廣的款式，也是台灣最常見、最常被仿製的蝙蝠屋。這一款蝙蝠屋採用南洋硬木製作，並由蘇秦社區發展協會、幸蝠小舖處理而成。
此款蝙蝠屋開發已有16年，中間幾年曾經小幅改款3次，用來加強結構與降低非目標物種的進入，這一款蝙蝠屋目前是台灣最常見到的款式，也是台灣最多學校、農民與國家公園研究單位使用的款式。
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蝙蝠屋
黃金蝙蝠生態館最早從2002年開始採用FSC友善森林認證的林木來製作蝙蝠屋，當時是採用加拿大卑斯省FSC認證森林2種木材、德國水性環保膠的夾板來製作，由於該夾板製作過程號稱無毒，又宣稱可以抗潮耐雨，材料也通過健康綠建材及生態綠建材認證，所以我們才引進這款台灣市面上買不到的環保夾板來測試其耐用程度。
後來因為國外FSC材料來源取得有問題，碳足跡也很高，而台灣政府此時開始認真處理林業產銷失衡的問題，因此我們就順勢改採台灣新竹五峰鄉的FSC友善森林認證杉木，並由蘇秦社區發展協會和幸蝠小舖員工負責處理、組合與產銷。它具備雙層空間，使用不易繡蝕的鍍鋅鐵件，木材加厚保溫效果更好，可吸引蝙蝠入住。
卡榫式蝙蝠屋
這是中原大學商業設計系「好厝蝙 BATiful」團隊彭芮妍、陳思蒨及王晨禹等三人從2016年與張恒嘉老師合作開發的新式蝙蝠屋，2017年5月正式在台北世貿一館發表。全程採用古老的木工技法榫接技術組合而成，全程不使用任何一根釘子與化學膠劑，是最新潮、最方便組合的蝙蝠屋。
本款式蝙蝠屋，在2018年-2019年在蝙蝠館策展，跟預約團客一起分享。
這一款蝙蝠屋是本館2016年推出的DIY款蝙蝠屋，使用台灣國產FSC杉木或南洋硬木製作，由幸蝠小舖人員細部磨切處理而成。改良自2013年前款不易DIY、屋頂容易漏水、木材厚度及蝙蝠使用空間不足的缺點而製成。
本款組合式蝙蝠屋將於2019年全面改採台灣本土FSC認證森林杉木材質製作，組合包內有提供繪製安裝與架設的流程建議，比較適合初入門的親子一起DIY，動手做蝙蝠的保育。
BCI型蝙蝠屋
BCI型蝙蝠屋介紹
Merlin Tuttle博士設計的BCI型蝙蝠屋是美洲地區最暢銷的蝙蝠屋。台灣永續聯盟將BCI單層式蝙蝠屋、BCI多層式蝙蝠屋及BCI火箭型蝙蝠屋全都架設在黃金蝙蝠生態館。單層式蝙蝠屋的蝙蝠製作較簡單，頗適合DIY；多層式蝙蝠屋和火箭型蝙蝠屋的優點是高大多層，可在不同方向的不同隔間內形成不同的微氣候，更能夠吸引大量的蝙蝠長期使用，但缺點則是費時費工、造價貴且不好安裝。
台灣第二大的蝙蝠屋
這個蝙蝠屋由台灣永續聯盟架設在黃金蝙蝠生態館館區內，是台灣第二大的蝙蝠屋。具備雙層構造，上層可容納洞穴型的蹄鼻蝠和葉鼻蝠類棲息，下層的隔間眾多，理論上可吸引數萬隻蝙蝠入住。本館占地面積較小，且這座蝙蝠屋為教育展示用途，因而架設在建築物旁、高度也較低。有東亞家蝠和高頭蝠棲息紀錄，高昂的造價比較適合有穩定財源與特殊目的單位來推廣。
貓頭鷹巢箱
貓頭鷹是次級洞巢者，不會主動築巢，通常是利用現成樹洞來繁殖。由於森林的大量破壞， 讓這群夜之精靈不得不轉而尋找較不適合的孔洞 (如排油煙管或椰子葉叢基部) 來當替代繁殖所，而讓繁殖成功率下降。
全球的原始森林每年以驚人的速度消失中，六十年內恐有十九國的原始森林消失，台灣有99%的木材是從馬來西亞、印尼、泰國、澳洲、中國、美國等國進口，根據學者研究，台灣每年進口原木中，約三成(NGO 的統計值更高) 恐為非法盜伐或貿易的木材 ! 目前我們是全世界第二大熱帶雨林木材進口國，已被國際間控訴是非法木材進口國及熱帶雨林破壞幫兇之一。因此，我們結合業者使用FSC所認證的國產再生林木材來製作貓頭鷹巢箱，同時也讓生態永續生存!!
Q：FSC是甚麼?
A：Forest Stewardship Council 森林監管委員會簡稱FSC，此機構為一個獨立、非政府及非營利之國際機構，成立目的是推廣全球森林的永續經營，為全世界最具公信力的永續森林認證組織，通過制定良好的森林經營標準和木材加工產銷監管鏈，以追蹤木製品從森林到消費者的整個過程，從而控制木材的合法及可持續來源。對於維護當地森林生態環境、減少社會產銷供應剝削及支持在地居民的經濟有較大幫助。使用FSC認證木材是希望在保護台灣森林及生物物種的同時，也保護其他國家的森林及物種。