蝙蝠的棲所很廣泛，從洞穴、建築物、樹木上都有，蝙蝠屋的架設必須符合蝙蝠本身的需求才行。蝙蝠屋的架設必須考慮到地景狀況、附著物、日照、高度、方位、水源供應以及附近有無蝙蝠棲所等因素，才能吸引蝙蝠成功入住。
蝙蝠屋(蝙蝠巢箱)架設
蝙蝠屋的架設通常需要他人協助，一個小型的蝙蝠屋通常只需要1、2人，10鐘即可架設好；大型的蝙蝠屋會耗時較長也較笨重，光是移動就至少需要2人，有時還需要打地基、出動吊車，花費半天甚至是數週才能順利完成。蝙蝠屋架設前需注意的是：
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地景環境：在台灣，架設地點植被多樣化，附近有穩定淡水源會比較好。
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附著物：在台灣，架設在建築物牆壁和獨立桿上，比樹幹上更早、更容易吸引入住。
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日照：在台灣，蝙蝠屋常會放在半日曬處。
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高度：在台灣，我們通常放在離地3.5~6公尺。
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方位：國內外研究都建議朝向東方或南方，若在森林底層，請朝向空曠處。
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時間：春天和初夏是蝙蝠最有可能造訪的季節，但其實一年四季皆可。
長廊兩端或轉角高處，是利用率較高的地點，但建議不要直接架設在人們頻繁通過的大門路徑正上方，以避免淋到或踩到糞尿。可以在下面放一個淺托盤收集糞便做肥料，不要使用比較高的盒子，因為掉落的幼蝠可能會無法爬出而死亡。
新竹觀霧架設在樹幹上的蝙蝠屋
美濃農夫宋先生正用鐵絲固定蝙蝠屋在電線桿4-5m處
蝙蝠屋架設的高度若太低或容易攀爬，仍會有蝙蝠棲息，但比較容易有天敵接近
蝙蝠屋(蝙蝠巢箱)的監測
蝙蝠來了沒一直是個有趣的問題，發現有蝙蝠入住時也是做蝙蝠屋的最大樂趣！那要如何確定蝙蝠來了沒呢？最簡單的方法就是檢視下方的排遺即可，如果下方有長條黑灰色的排遺，那很可能就是蝙蝠的。其次，您可以使用罩上紅色玻璃紙的手電筒或蛇管窺視儀器來檢視牠們是否有住在裡面。請耐心等待，蝙蝠需要一些時間去發現和檢視蝙蝠屋。如果架設2年後仍然無蝙蝠入住，那麼請嘗試移動到其他不同程度的日曬處，或是面對更有昆蟲出沒處。另外，如果建築物中的蝙蝠極可能會被驅除出來，您可以嘗試著在事前先遊說大家不要驅除牠們，也可以就近架設幾個蝙蝠屋，讓蝙蝠提早熟悉環境，以利後續進入棲息。所以，架設好蝙蝠屋之後請不要心急，耐心等待個2年，若尚未入住就換個位置吧！
經過本館與台灣各地蝠友的監測資料回報(蝙蝠屋監測回報網)，本館已於2022年發表蝙蝠保育新思維_蝙蝠屋、蝙蝠巢箱一書。2002年以迄2023年期間，本館的四隔間可掀門款蝙蝠屋已有13種台灣蝙蝠入住(堀川氏棕蝠、金芒管鼻蝠、台灣管鼻蝠、姬管鼻蝠、隱姬管鼻蝠、長尾鼠耳蝠、東方寬耳蝠、山家蝠、臺灣長耳蝠、東亞摺翅蝠、絨山蝠、 東亞家蝠、高頭蝠)，另款雙層DIY款蝙蝠屋曾有8種台灣蝙蝠入住(台灣管鼻蝠、隱姬管鼻蝠、堀川氏棕蝠、絨山蝠、東亞家蝠、山家蝠、高頭蝠以及國家瀕危物種-霜毛蝠)。台灣各種蝙蝠棲息在蝙蝠屋內的圖片如最下方輪播圖。
以下提供蝙蝠屋監測表格，讓大家自行修改使用。【初階】蝙蝠屋身份證 【高階】蝙蝠屋身份證
維護
一旦成功吸引蝙蝠入住蝙蝠屋，任務就大致達成，但這只是大致上完成而已，因為蝙蝠以可能會使用一系列的蝙蝠屋。牠們也有可能會在秋天或不適應時離去，春天或不適應因子消失時又返回。蝙蝠屋內有時可見到非目標物種或排遺出現，例如架設於野外的蝙蝠屋，有時可見到長腳蜂、螞蟻和獨居蜂的巢，也時常可以看見壁虎，可靜待蝙蝠們離開後再行處理！
根據我們的經驗，使用夾板、合板、木芯板當材料的蝙蝠屋約1年後，為防止裂縫和漏光，就需要重新填縫、上漆。使用松杉森林再生材料的最好也是每年檢查有發現異狀時進行保養，每3-4年最好拆下進行背板五金更換與重新上漆；使用較硬的闊葉樹原木、白鐵五金，放在濕氣較低處可以撐到5~6年甚至是10年以上才需保養。我們的蝙蝠屋架在隔壁誠正國小學校走廊較無風吹日曬雨打處的二樓牆壁上，最久的已放19年僅有五金毀損；但若是架設在霧林帶這類濕氣較高的山區環境，這意味著你很可能必須每年都去做幾次維護。
