金黃鼠耳蝠是一種長壽而低產的哺乳動物，在自然界中牠們子代補充族群的速率原本就較慢。在野外的觀察中，牠們夏季繁殖育幼的地方也緊鄰人為活動區，因而，會受到比較多的人為干擾。砍樹、不當修剪樹木、噪音、光害、惡意攻擊或工程開發所造成的地景改變，都會影響牠們的生存和繁殖。
使用農藥可能會傷害到食蟲性的金黃鼠耳蝠，這些有毒物質不但會汙染到牠喝水的池塘和河川，更會透過生物累積、放大的作用，讓害蟲體內的有毒物質轉嫁到牠的體內，對牠們產生傷害。這對懷孕或遷徙中的蝙蝠傷害尤其深，因為此時牠們必須消耗大量脂肪，同時也將有毒物質溢出，蝙蝠於是掛點。
冬眠地的工程開發或不必要的冬眠洞探索，會讓牠們甦醒，再加上冬季昆蟲量甚少，不足以讓食蟲性蝙蝠獲得生存所需的食物，冬天干擾多就代表蝙蝠耗能更多，此舉將造成牠們無法度過漫長的寒冬，很容易造成死亡。
水林鄉許宅的金黃鼠耳蝠繁殖育幼群過去曾本種於世上已知數量最多處。在1994年時楊勝惠曾記錄約246隻，但是，2020年則近乎全數消失。北港糖廠在2002年時也曾擁有155隻，2018年則全數消失。雲嘉南地區也有22個中小型繁殖育幼群也有數量下降的趨勢。本種已於2020年7月列名在IUCN紅皮書中的NT近危等級，然而在台灣尚未被劃入保育類。
金黃鼠耳蝠是台灣農村樹林中最美麗的生物之一，而農村地景的棲地保育是你我可以共同參與的方式。我們希望可以透過預約幸蝠的活動，來喚起大眾對保育金黃鼠耳蝠的重視，期待您的加入與支持。
