多層的大型蝙蝠屋裡面的隔間可形成多樣化的微氣候，頗適合蝙蝠育幼。它的製作過程較為複雜，但您若有基礎木工技巧仍可自行製作，可節省數仟元材料與後續一連串加工的費用。您只需要去木材行採購原木或比較無毒的防水夾板，裁切好需要的尺寸，即可依照下列步驟開始製作。
1 工欲善其事, 必先利其器
2 大尺寸板面的原木市面上極難買，有時只能選用低游離甲醛的F1膠合板
3 依序裁切好蝙蝠屋各部位不同尺寸的板材
4 每塊蝙蝠可能會用到的板子表層需用利器鋸切出水平溝槽
5 蝙蝠屋底板、面板和中間層板都需鋸出斜角切面以利屋頂排水
6 蝙蝠屋內各層板可以鑽出蝙蝠用的穿越孔
7 三塊蝙蝠屋層板都要各自鑽出2個蝙蝠穿越孔
8 由於膠合板鑽孔與裁切處常有銳刺，所以需要先磨除
9 蝙蝠屋側邊需鋸出透氣孔(小型蝙蝠屋不需要此道)
10 開始組合蝙蝠屋的側板
11 鎖上蝙蝠屋底板上左右側的壓條
12 蓋上蝙蝠屋內的第一層板
13 鎖上蝙蝠屋內第一層板的壓條
14 蓋上蝙蝠屋內的第二層板
15 鎖上蝙蝠屋內第二層板的壓條
16 蓋上蝙蝠屋內的第三層板
16 鎖上蝙蝠屋內第三層板的壓條
17 封蓋蝙蝠屋前面板的上半部
18 封蓋蝙蝠屋前面板的下半部
19 鎖緊蝙蝠屋前面板
20 蝙蝠屋上下兩塊前面板中間要留一道縫隙
21 蝙蝠屋的屋頂板是斜的方便排水
22 使用填縫劑準備封填屋頂易漏水處
23 鎖上蝙蝠屋屋頂
24 將蝙蝠屋陸續塗上兩層暗色防水漆
25 將蝙蝠屋外層塗上黑色保護漆後就完成了
26 四層育幼型蝙蝠屋完工
27 再用遮雨板封上蝙蝠屋屋頂，即可進行架設
多層蝙蝠屋製作教學影片